Allora: come la crei questa applicazione? Se la crei con un linguaggio di programmazione, le tue domande mi stupiscono.
Se vuoi sapere come - da programma - mettere un'icona sulla System Tray, allora devi chiedere ad un forum di programmazione.
Se l'applicazione ce l'hai già e vuoi una utility per porre applicazioni sulla SystemTray, allora ti posso indicare qualcosa tipo PowerMenu. Non so se però funziona sotto Vista.