e' abbastanza semplice.
il link 'elimina' lo devi creare dinamicamente.
Quando estrai i messaggi farai ovviamente una select. In questa select devi avere cura di estrarre anche l'id. In questo modo puoi creare i link così
echo 'elimina';
In seguito, nella pagina delete.php recuperi l'id della riga che vuoi cancellare
DELETE FROM tabella WHERE id=$_GET[id]