Dunque, puoi fare in due modi ma in entrambi devi usare un pò di javascript

1°: usi Ajax: fai in modo che quando cambia il primo menù, viene richiamata una funzione php che modifica il secondo.

2°: crei tutti i possibili menù dei comuni già popolati ma nascosti e fai modo, tramite javascript di visualizzare solo quello che ti serve. E' più semplice da fare però la pagina metterà più tempo a caricarsi (a seconda di quanti comuni ci sono).

Se hai già dimestichezza con Javascript e PHP, ti consiglio la prima, se invece hai pochi comuni si può attuare anche la seconda...