senza vedere il sito è impossibile... le cause sono moltissime
il 90% dei problemi è dovuto ad un calo di popolarità, potresti aver perso uno o più link importanti
quello che mi pare molto dubbio è questa frase
"risulta avere circa 13000 collegamente dall'esterno "
mi pare difficile, probabile una cattiva interpretazione dei dati

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