Per quanto riguarda l'utilizzo di più database, non la ritengo la scelta migliore. Non sono al corrente della possibilità di eseguire query tra più database ed in ogni caso una manutenzione "bloccante" dovrebbe essere comunque limitata a periodi molto brevi e/o molto distanziati nel tempo e/o in momenti di scarso utilizzo (es. ore notturne).

Per il resto, ti rimando alla documentazione di SQLite:

http://www.sqlite.org/lockingv3.html