A parte che uppare una discussione ancora nella pagina principale non è molto giusto, non credo proprio che esista una Guida per fare una roba del genere.

Devi vedere quello che ti serve e partire da quello. Io posso darti qualche hint e qualche link, ma per il resto deve vedere un po' tu.

Io suddividerei il lavoro in 2 parti:

1- Effetti

2- Funzionalità

parte 1:
Gli effetti che vedi lì sono Fx.Morph, Fx.Scroll ed Fx.Slide (trovi tutto sulla documentazione di mootools http://mootools.net/docs ).

parte 2:
Le funzionalità implementate fanno uso di... o meglio, se lo facessi io, farei uso di: Request.JSON, Element ed, ovviamente, degli Events.

Cosa fa?
All'apertura, mostra il quadrato con un link che, una volta cliccato, esegue la Fx.Morph, alterando la class associata all'elemento, che da centrale alla pagina, lo sposta a sx e lo allarga, poi attiva Fx.Slide che "apre" il pannello dei link. Ogni link ha poi delle sottovoci che vengono mostrate se si clicca sulla voce parent corrispondente. Infine, ogni pannello delle sottovoci ha associato Fx.Scroll che fa scrollare il pannello con i due div, uno sopra ed uno sotto, con l'azione scroll associata all'evento onMouseEnter.
Infine, se i link devono aprire una pagina, hanno l'href impostato in modo corretto e non #

Questo, grossomodo, è tutto quello che fa, ovviamente, tra lo spiegare le funzionalità ed attivarlo c'è parecchio lavoro.

Ti consiglio di iniziare dall'HTML, crea la struttura con il quadrato che non cambia, il menù e tutte le sue sottovoci, delle quali vengono visulizzate solo quelle con una determinata classe. Una volta fatto questo è abbastanza semplice, implementare le restanti cose.