quando clicchi un banner si verifica l'evento onclick di javascript. Poichè ad ogni utente di un sito PHP viene assegnata una variabile $_SESSION, potresti all'ingresso nella pagina coi banner mettere così:

Codice PHP:
<?php
  session_start();
  $_SESSION['num_click'] = 0;
?>
quando un utente clicca sul banner se sui ad esempio a href puoi fare

Codice PHP:
[url="contatore_cliccate.php"][img]banner[/img][/url] 
in contatore_cliccate.php puoi fare $_SESSION['num_click'] += 1; e inserirla in un campo di una tabella di database; quindi andare alla pagina che vuoi