Intendi dire che vorresti mettere il CMS nello stesso spazio web dove ora hai il sito? Allora, tecnicamente si può fare, però devi stare attento a che non si sovrappongano. L'ideale a questo punto è creare una sottocartella apposita (es. "cms") dove vai a caricare e installare il nuovo cms. Così puoi fare tutte le prove necessarie senza andare a intaccare il sito ufficiale.

Mi raccomando, fai un salvataggio completo del sito attuale prima di andare a lavorarci, sai mai che cancelli o sovrascrivi il file sbagliato...

Se servono altre informazioni chiedi.