Per prima cosa ti serve un metodo per leggere il file XLS
Su phpclasses ci sono un paio di classi che dovrebbero fare al caso tuo.

Poi devi implementare un sistema che estragga i dati dall'XLS e li importi in MySQL. In questi termini potresti provare con il costrutto REPLACE, ma molto dipende da come sono strutturati i dati nel file XLS (es. se è già presente una chiave primaria, etc.)