Ma la tua applicazione java dove risiede? Hai pagine jsp sul server? E l'amministratore accetta solo collegamenti al database MySQL con php?
Oppure non hai pagine jsp di nessun tipo e la tua applicazione java è una applicazione locale che cerca di collegarsi al database remoto?

Francamente questa combinazione di cose non mi piace affatto. Sarebbe meglio gestire tutto in java o tutto in php. Però di gestori che forniscono il supporto a java gratuitamente non ne conosco.

Comunque questa che segue potrebbe essere una soluzione: usi java per chimare una pagina php che si trova sul server. Quindi la chiamata è a un url, a una generica pagina web. Come parametri puoi passare direttamente la stringa sql che vuoi realizzare.
Magari, per sicurezza, aggiungi come parametro anche un username e una password, im modo che la pagina php prima di rispondere verifichi che chi tenta di collegarsi abbia i diritti per farlo.

Se localmente hai un server apache su cui fai girare servlet e jsp, il problema è banale. Il risulato lo puio inglobare nelle tue pagine con ajax. Se hai una applicazione desktop, dovrai invece trovarti le api giuste, sia per invocare la pagina, sia per leggerne i risultati.

mmm.. potresti anche fare in modo che la pagina php restituisca del codice xml... sta cosa potebbe prendere strane ed interessanti forme...