Se hai bisogno di "mettere in pausa il programma" probabilmente è perchè vuoi vederne l'output e non riesci perchè lo esegui cliccando sopra lo script.
Non farlo.
Apri un prompt dei comandi, posizionati nella directory dello script, successivamente digita "script.py" e premi invio.

Utilizza un'altra istruzione raw_input() in fondo

già fatto, ma mi paice poco. COme faccio a matterlo in pausa?
Il metodo "classico" per mettere in pausa un programma è proprio utilizzare raw_input().