Una possibilità te l'ho data un paio di messaggi fa. Che per quanto assurda può funzionare.cioè, non c'è modo di utilizzare php per risolvere la situazione?
Però mi sembra strano che queste siano le richieste del tuo progetto. Da quel che ne so io, gli spazi web di solito vengono messi a disposizione dall'università. Il docente a cui fai riferimento dovrebbe essere in grado di garantire un computer da utilizzare come server su cui installare un application server per java e mysql. Almeno per il giorno in cui effettuare la prova ufficiale della tua applicazione.
Ma non mi spiego neppure per quale motivo il database debba risiedere su un server gestito da altri: se il tuo applciativo è già stato distribuito a più persone (altri studenti che partecipano al progetto, no?), per quale motivo non utilizzare uno dei computer diponibili per installare il database e le applicazioni necessarie? In realtà basterebbe eclipse, tomcat e mysql, che li puoi installare anche su una chiavetta usb, se gli indirizzi ip li salvi su un file di configurazione della tua web application, la portabilità del tutto è garantita, e non capisco cosa possa pretendere di più il tuo docente.
Fagli presente la risposta data dal tuo gestore e verifica che non si possa fare altrimenti.
Ciao!