a sto punto ti conviene fare cosi' :

1 estrai tutti i dati
2 apri dreamweaver
3 incolli i testi dall'editor "progettazione"
4 correggi i caratteri speciali
5 passa alla visualizzazione a codice e dovrebbe aver convertito tutti i caratteri speciali nei relativi à etc
6 ripiglia i dati e sovrascrivili nel db.

MI sa che il problema dipende fondamenteamenlte dalla funzioni che salvano nel database che non tengono conto dei carateri speciali.

Ovviamente fatti un backup prima di effettare queste operazioni.

Se i dati non molti e' abbastanza veloce senno in bocca alupo perche' ti tocca correggere carattere per carattere in quanto una ù potrebbe risultare con lo stesso carattere di una à ossia con la A(tilde).

EDIT:
Ah se hai converito i caratteri ad utf-8 e' normale che nn ritrovi piu' piu' le A(tilde) in quanto tali caratteri sono stati convertiti nel relativo utf-8 e in fase di visualizzazione vengono letti come tali.

Nel caso ad estrazione fatta si puo' fare uno scruipt che con una regular expression ti vada a identificare tutti i caratteri speciali cosi' da darti modo di sostituirli con piu' calma e meno scleri ... nel caso fammi sapere. ciauz.