Ciao, che eMule causi un rallentamento della navigazione web è fisiologico, e te ne accorgi soprattutto se non hai una connessione particolarmente "moderna" (io fino a febbraio ero costretto alla 56k).

In ogni caso, non so nello specifico di Libero, dovresti poter limitare il problema adottando questi parametri su eMule, se hai una 7 Mega:
Opzioni
> Connessione.
Capacità download: 120 (togli la spunta al limite)
Capacità upload: 20 (limite a 16)
Fonti massime per file: 600
Connessioni massime: 400.
> Aspetto.
Appiattisci la barra di progresso, disattiva le prime 7 voci (l'8^ vedi tu se ti torna utile), poi in Risparmio CPU e memoria, attiva tutte e 4 le opzioni.
> Statistiche.
Più aumenti il ritardo, meno risorse consumi... io ho impostato aggiornamento grafici a 30 secondi, durata media 30 minuti, scala Y 100, ritardo aggiornamento 5 secondi, e no grafici pieni.

Se cerchi in questa sezione, trovi guide anche più dettagliate di questa, che cmq reputo un discreto inizio.