quando un utente entra in un sito automaticamente gli viene assegnato un ID di sessione che puoi verificare con lo scipt(ino) seguente:

<?php
session_start();
echo session_id();
?>

quell'ID vale fino a quando l'utente sta nel sito e quando se ne va viene distrutta. E' univoca per ciascun utente, quindi se nel tuo sito entrano 1000 persone tutte assieme ognuna avrà il suo ID diverso. Pertanto se come ti ho detto quando un utente si logga e gli mandi una variabile di sessione con l'ID utente prelevato da una tabella lo amnda solo all'utente con un certo ID di sessione. Quando vuoi salvare l'ID in varie tabelle basta recuperare quell'ID utente , tanto sarà semrpe associato ad un particolare ID di sessione.