Lui vuole una matrice, non un array monodimensionale.

Non so se può funzionare con la doppia parentesi quadra (ho scoperto 20 minuti fa questa forma ) ma forse è meglio (leggi 'più logico') cambiare il nome delle checkbox.

checkbox1[1]
checkbox1[2]
checkbox2[2]
checkbox2[5]
checkbox2[7]
checkbox3[4]

E poi eventualmente te li metti in una matrice in modo più semplice.

Che cosa rappresentano quell'accoppiata di indici/chiavi, per avere la necessità di indicare il valore tramite due coordinate?