Probabilemente anzi quasi sicuramente, tu hai ricompilato l'originale e facendo l'update hai toccato is ettings o di php o di Apache. Banalmente questo chiama quella libreria e non la trova dandoti errore.
Piccola nota polemica , se vuoi essere smanettone ricompilandoti i sorgenti prima di eseguire gli update e vatti a leggere quello che fanno, cosi sai gia cosa devi ricompilarti o backupparti. L'utente medio non va a smanettare in quei settings e gli update di sistema se hanno trovato falle in quel campo li vanno a sistemare, poi se tu vuoi ripristini il vecchio.
Comunque non ho capito perche ti sei dovuto ricompilarti apache, invece di installare php5 senza usare quello di sistema!
In passato avevo installato php4, php5, apache, apache2 e tomcat. E quando c'erano gli updates era ovvio che perdessi un pochino a rimettere in sesto eventuali e/o potenziali cambiamenti