di solito quegli ID vengono generati automaticamente ogni volta che aggiungi un record. Non è molto importante rimepire i vuoti, basta che cisa e penso che saprai che il suo utilizzo è legato ad esempio alle clausole WHERE di una query SQL.
Se proprio vuoi rinomarli però meglio farlo da phpMyadmin, cancella la colonna con l'ID, ricreala con AUTO_INCREMENT=1 ed è tutto fatto.