Per risolvere il problema potresti anche aggiungere uno speciale carattere alla stringa di formato della scanf(), ossia "%*c".

La forma generale nel tuo caso sarebbe:

scanf("%c%*c", &nome_variabile);

in sostanza %*c significa "leggi il carattere e scartalo", ovviamente in questo caso il carattere da scartare è quello di new-line che viene memorizzato nel buffer di input quando premi INVIO, dato che è quello che ti causa problemi.

Potresti anche usare "%c\n", con cui se non ricordo male la scanf dovrebbe leggere fino al carattere di new-line e ignorarlo, in maniera tale da non compromettere il funzionamento delle scanf() successive.

Ehm...non so a voi ma a me system("PAUSE"); da fastidio allo sguardo :°D