Potresti postare del codice che si può eseguire?

Nella sezione indicata come Codice JS non si capisce la separazione tra il codice PHP e quello HTML/Javascript.

In ogni caso $cont=Ctrlbarcode(this, $cont) NON ha senso perchè $count è una variabile PHP che viene interpretata lato server all'atto della generazione della pagina. Te ne puoi accorgere semplicemente quardando il codice restituito al web server.

Se devi inviare una variabile JS al PHP, devi, ad esempio, settare il campo di una from tramite JS, oppure utilizzare Ajax o tecnologie equivalente.