Ciao,

Esiste un modo semplice, per ripristinare tutti i file di sistema di windows, ma serve il disco di installazione pulito.
http://www.pcalmeglio.net/news.asp?id=188

Al punto 4 di questa guida, trovi le istruzioni.
Sovrascrivendo i file in questo modo, le informazioni personali e i programmi installati non vengono toccati, bisogna solo rifare gli update tramite, windows update, successivi alla data di creazione del disco di installazione.

Poi ne esistono anche altri, ma molto meno semplici.

Ciao