Vuoi forse dire che te le apre in una nuova scheda, non con una nuova finastra come fa IExplorer.
Questo dipende dalle impostazioni date al Browser dall' Utente e non ci si può interferire con JS.

Se però alla window.open assegni la dimensioni di screen.width e screen.height te la apre a tutti gli effetti come una pop-up larga quanto il Monitor; chiaramente, come una finestra indipendente e che ottiene il focus.