metti di avere la tabella con id = "MyTable", metti questo script:

codice:
var rows;
var colorClick = '#ffff66', colorUnclick = '#FFF';
window.onload = function(){
	var tab = document.getElementById('MyTable');
	rows = tab.getElementsByTagName('tr');
	for(i = 0; i < rows.length; i++)
	{
		rows[i].onclick = function(){
			for(j = 0; j < rows.length; j++)
			{
				rows[j].style.backgroundColor = rows[j] == this ? colorClick : colorUnclick;
			}
		}
	}				
}
Dovrebbe andare.

Per customizzarlo: colorClick è il colore che la riga cliccata prende, colorUnclick sono tutte le altre righe, modifichi la stringa "MyTable" in var tab = document.getElementById('MyTable'); con l'id della tua tabella per applicare l'effetto.