Considera che un database come mysql ha la necessità di avere un servizio attivo all'interno del sistema operativo in cui dovrebbe venire eseguito, inoltre non conosco il modo di operare delle JSP, ma immagino che anche quelle abbiano bisogno di un servizio per essere interpretate.
E' questo uno dei motivi per cui la Adobe ha sviluppato la libreria AIR, che aggiunge a Flash e Flex la possibilità di gestire gli applicativi standalone agendo sul filesystem locale e comunicando con un database standalone come SQLite (un database in un file).