per caso si potrebbe creare applicazioni avanzate o persino un blog senza usare un framework o librerie già fatte?
Non vedo perchè no.

Io ho un libro su php e mysql solamente che la maggior parte del libro è dedicata a mysql, quindi non c'è tantissimo codice php.
Un libro sul PHP con poco codice PHP?

Qualcuno saprebbe infine indicarmi qualche link di riferimento al codice php magari di livello avanzato?
Dipende molto cosa intendi per "livello avanzato"?
Come prima risposta ti avrei detto di scaricarti un framework e studiarti il suo codice.