direi che è un bel problema :\

tecnicamente se il tuo database ha, nelle righe, una data che indica la creazione e/o la modifica, potresti leggere da qualche parte la data dell'ultimo aggiornamento e tramite uno script esportare solo i dati posteriori a quell'aggiornamento

alternativamente, se hai accesso ai due db, ti consiglio di usare un sistema master/slave però considerà che non potrai scrivere sugli slave ma solo sul master