Mi aggiunge un "|". non capisco il perchè :S

[sotoli]

Devi togliere i caratteri di fine riga che ci sono alla fine di ogni riga del file di testo.
Un modo per farlo è questo:

.....
.....
if ( $d[$b] == $a ) // $A
{
       $d[$i] = str_replace("\r", "", $d[$i]);
       $d[$i] = str_replace("\n", "", $d[$i]);
       for ( $i=0; $i<count($d); $i++ )
       {
      
            $uno[$i] = $d[$i];
                
       }
} 
.....
..... 

magari ce ne sono di meglio....però dovrebbe funzionare.