I metodi possono esser diversi, javascript, php, ASP, ecc.. ecc..

Ma visto che siamo nella sezione PHP partiremo da questo linguaggio.
Innanzi tutto bisognerebbe sapere come ai intenzione di inserire i vari link dei banner, se attraverso un tool verso un DB o manualemente.

Scelto il modo si possono randomizzare i vari link tramite un array e un rand()
e con uno o più echo far visualizzare i banner tirati fuori a caso.

Non è difficile basta un po di pratica