per verificare l'EOF usi l'apposita funzione feof() (vedi www.php.net/feof )
Codice PHP:
$f fopen('prova.txt''r');
while (!
feof($fp)) {
    
$line fgets($fp);
    
// operazioni

se vuoi creare un array in cui ogni elemento è una riga del file in questione, ti basta la funzione file() (vedi www.php.net/file ):
Codice PHP:
$vettore file('prova.txt');