ti dirò, è al quanto strano che mysql ti vada lento, lo usato più volte su sistemi windows server (2000, 2003 e 2008) e mai avuto un problema

le query che hai eseguito era semplici e stupide o erano un pezzo del tuo software?

Inoltre che tipo di tabelle hai usato? (myisam, innodb e cosi via)

Usi locking o transazioni?

prova ad abilitare il log delle slow queries di mysql, magari trovi qualcosa

inoltre scarica qualche software come hdtune e stressa i dischi del server per vedere la velocità di lettura ... il software di per sé non ha questo tipo di problemi quindi è strano che tu li abbia