quindi se ho ben capito:

hai 10 file ogniuno dei quali contiene un solo valore numerico.
hai 5 parametri numerici.


Quindi tu vuoi:

Per ogni parametro
inizio1
Per ogni File
inizio2
Se il contenuto del File = Valore Parametro ==> «Sostituisci contenuto del file con "X"»
fine2
fine1

Dovrebbe fare al caso tuo qualcosa del genere:
Codice PHP:
$parametri=array($primo,$secondo,$terzo,$quarto,$quinto/*,etc..etc..*/);
$files=array("1.txt","2.txt","3.txt","4.txt","5.txt","6.txt","7.txt","8.txt","9.txt","10.txt");

$np=count($parametri);
for(
$ip=0;$ip<$np;$ip++)
{
 for(
$if=0;$if<10;$if++){
   if(
file_get_contents("RUOTASF10/".$files[$if])==$parametri[$ip]){file_put_contents("RUOTASF10/".$files[$if],"X");break 1;}
 }

Nota: il codice è da verificare, l'ho appena scritto di getto e non ho il modo di testarlo.

P.S. che versione di php utilizzi? le versioni precedenti alla 5 non ha la funzione file_put_contents