il test delle query devi provarlo senza usare le la tua struttura del database

fai una semplice tabella con un autoincrement ... ed un campo fittizzio ... metti dentro 1000 righe e poi 10000 righe riempendo il campo fittizzio con un valore causale e poi prova a fare operazioni di ricerca all'interno ... sia con tabelle myisam sia con innodb ... se tutto va è la struttura del tuo db o la struttura delle query che usi

alternativamente, non è che hai copiato i file delle tabelle/database cosi come erano dal vecchio mysql e messo nel nuovo?