il problema delle incompatibilità è abbastanza raro, dovresti usare qualcosa di veramente strano e/o particolare per incapparci e comunque eventualmento risettando l'sql_mode è possibile risolvere buona parte delle incompatibilità causate dal comportamento di mysql o dalle query

se vuoi un consiglio passa all'ultima release di mysql 5, la 5.0.67

per il fatto che non riesce ad avviare il servizio ci potrebberò essere tanti motivi diversi, ma eventualmente perché non dai un occhio al mysql embedded?