Non credo si tratti di quello...
Un print_r del risultato della verifica ecco cosa mi evidenzia ad esempio per il controllo tra la riga0file1 e la rigaENNEfile2 dove in questo caso ENNE = 15

riga0file1: 1,2,3,4,5,6
riga15file2: 2,3,22,46,61,80
1
Array ( [2] => 3 )

ovvero... [1] => 2 lo salta alla grande accidenti! in quanto il 2 appunto nella rigaENNEfile2 è il primo elemento della stessa...

Qualcuno mi butta un salvagente...???

Grazie