Dati i seguenti file:
file1.txt:
1,2,3,4,5,6
file2.txt:
98,65,45,67,77
1,5,8,9,10,12
l'output del programma è:
Array ( [0] => Array ( [0] => 1,2,3,4,5,6 ) )
Array ( [0] => Array ( [0] => 98,65,45,67,77 1,5,8,9,10,12 ) )

riga0file1: 1,2,3,4,5,6


riga0file2: 98,65,45,67,77 1,5,8,9,10,12
1
Array ( [4] => 5 )
Perchè non riconosce anche 1 come elemento in comune?
Semplicemente perchè 1 non esiste nel 2° array.
se esplodi per ";" la stringa "98,65,45,67,77 1,5,8,9,10,12" diventa:

Array([0]=>98,[1]=>65,[2]=>45,[3]=>67,[4]=>77 1,[5]=>5,[6]=>8,[7]=>9,[8]=>10,[9]=>12)

Per risolvere il problema dovrebbe bastare sostituire
Codice PHP:
$arrayFILE1[]= explode(";", $file1);
$arrayFILE2[]= explode(";", $file2); 
con
Codice PHP:
$arrayFILE1[]= explode("\n", $file1);
$arrayFILE2[]= explode("\n", $file2); 

edit:
Originariamente inviato da freetom
Non credo si tratti di quello...
Un print_r del risultato della verifica ecco cosa mi evidenzia ad esempio per il controllo tra la riga0file1 e la rigaENNEfile2 dove in questo caso ENNE = 15

riga0file1: 1,2,3,4,5,6
riga15file2: 2,3,22,46,61,80
1
Array ( [2] => 3 )

ovvero... [1] => 2 lo salta alla grande accidenti! in quanto il 2 appunto nella rigaENNEfile2 è il primo elemento della stessa...

Qualcuno mi butta un salvagente...???

Grazie

Ma nei file di testo, le righe terminano con un ";"?