Allora il problema è il seguente:


Ogni riga nel file termina con ";" ma dopo c'è un carattere di ritorno a capo ("\n").


quindi una riga di esempio è:

17,24,25,40,58,64;\n
16,19,29,34,48,64;\n

Array ( [0] => Array ( [0] => 17,24,25,40,58,64 [1] => \n16,19,29,34,48,64 ......)

\n16 è diverso da 16.

Risolvi il problema effettuando una ripulitura delle righe in fase di esecuzione (tramite la funzione trim).

es:
Codice PHP:
da:
$arrayrigafile1[]=explode(",",$rigafile1); 

a:
$arrayrigafile1[]=explode(",",trim($rigafile1)); 
In questo modo ti togli di torno tutti i "\n" ed i "\r" (ed eventuali spasi superflui) che potrebbero darti problemi.