temo che qualcosa nel codice non vada molto...

Codice PHP:
<?php
//APRO FILE 1
$apro fopen("file1.txt""r");
$file1 fread($aprofilesize("file1.txt"));
$chiudo fclose($apro);
//apro FILE 2
$apro fopen("file2.txt""r");
$file2 fread($aprofilesize("file2.txt"));
$chiudo fclose($apro);
//Tolgo l'ultimo ';', così mi evito un elemento dell'array vuoto.
if (substr($file1,-1)==";")$file1=substr($file1,0,-1);
if (
substr($file2,-1)==";")$file2=substr($file2,0,-1);

//ESSENDO ENTRAMBE DELLE STRINGHE
//PER POTER PROCEDERE AL CONFRONTO DEVO PRIMA SCOMPORLE IN ARRAY...
$arrayFILE1explode(";"$file1); //Esplodo File 1 in righe
$arrayFILE2explode(";"$file2); //Esplodo File 2 in righe

/*Stampo il contenuto dei 2 array.*/
print "File1: ";
print_r ($arrayFILE1);
print 
"
"
;
print 
"File2: ";
print_r ($arrayFILE2);
print 
"
"
;
//CONFRONTO FRA ARRAY E SWITCH...
//PER OGNI ELEMENTO (riga) DI FILE1 FAI...
for ($v 0$v count($arrayFILE1); $v++) {
 print 
"********** File 1, Riga $v **********
"
;
 for (
$k 0$k count($arrayFILE2); $k++) {
  
$rigafile1trim($arrayFILE1[$v]);
  
$rigafile2trim($arrayFILE2[$k]);
  print 
"---------- File 2, Riga $k ----------
"
;
  
//ogni riga trovata di file1 va scomposta in array per procedere col confronto...
   
print "riga".$v."-file1: ".$rigafile1."
"
;
   
$arrayrigafile1=explode(",",$rigafile1);
  
//ogni riga trovata di file2 va scomposta in array per procedere col confronto...
   
print "riga".$k."-file2: ".$rigafile2."
"
;
   
$arrayrigafile2=explode(",",$rigafile2);
  
/*Scrivi esito confronto*/
   
print "
arrayrigafile1:#"
;
   
print_r ($arrayrigafile1);
   print 
"#
arrayrigafile2: #"
;
   
print_r ($arrayrigafile2);
   print 
"#";
   
$result array_intersect($arrayrigafile1$arrayrigafile2);
   print 
"
 Numeri Uguali:" 
.count($result);
   print 
"
"
;
   
print_r ($result);
  print 
"
---------------------------------------------------
"
;
 }
 print 
"
"
;
}
?>
Modifiche rispetto al tuo codice:
1.
$arrayFILE1[]= explode(";", $file1);
$arrayFILE2[]= explode(";", $file2);
tolto []

2.
$rigafile1= $arrayFILE1[0][$v];
$rigafile2= $arrayFILE2[0][$k];
tolto: [0]

3.
$arrayrigafile1[]=explode(",",$rigafile1);
$arrayrigafile2[]=explode(",",$rigafile2);
tolto []

4.
$result = array_intersect($arrayrigafile1[$v], $arrayrigafile2[$k]);
tolto: [$v] e [$k]

5. Aggiunto un po di print per il debug