Non sono sicurissimo, però prova a scrivere così quando stampi il form
Codice PHP:
 echo "<tr><td><input type=\"checkbox\" name=\"checked[]\" value=\"{$row['id']}\"/></td>" 
In pratica ho aggiunto dopo "checked" le due parentesi quadre "[]"

EDIT: ho trovato quello che prima non trovavo
Leggi questa pillola, ti può aiutare a risolvere il problema: paragrafo "Recupero di array tramite form."
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