benché la cosa possa sembrare un po' rozza potresti provare a cancellare il valore della chiave navigation_window_saved_geometry

gconf ---> apps ---> nautilus ---> preferences

azzerato il valore il sistema dovrebbe riposizionare le finestre nella posizione e con la dimensione standard, ogni successiva modifica dovrebbe essere memorizzata nella stessa chiave, questo in teoria dovrebbe poter risolvere il tuo problema