Non so quanto possa centrarci Avast in questo...
Può essere che ci sia qualche file d'avvio fuori posto per fare il boot da C. Se ti da errore su HDD, non trova come partire da lì.

Ma con l'avvio da floppy, se non trovava nulla, poi da dove caricava? Rimetti le cose com'erano, almeno dovresti poter entrare in Windows e tentare un ripristino da CD.