Qui bisogna distinguere però..

Se parli di file come dato a se stante e quindi separato dalla sua implementazione allora è e sarà sempre una sequenza di bit..

Se parli invece di implementazione e strutturazione del file allora dipende dal formato..
Un file mp3 o un file pdf sono sempre e comunque delle sequenze di bit.. che poi siano strutturati a blocchi, con indici, ecc dipende dal formato..

QUi tu fai confusione sulle 2 cose.. Lato sistema operativo e lato utente.