Puoi creare un ciclo if ,inserisci in un array gli id degli utenti a cui hai inviato la mail.
ad ogni record della query controlli nell'array se è già presente quell'id, in questo caso non la rimandi.

es.

while($data = sqlite_fetch_array($query))
{
if (in_array($data[id_utente], $id_inviati))
{
echo "non mando la mail";
}
else
{
$id_inviati[]=$data[id_utente];
//codice invio mail
...
...
}
}