Così a naso sembrerebbe che il tuo filmato flash non sia delle stesse proporzioni della finestra del browser, mi spiego meglio; se la risoluzione è 1024x768 e il tuo filmato è 900x768, ecco che compare i bordi laterali.
Prova dare al contenitore del filmato width:100% e height:100% dovrebbe in questo modo riempire tutto lo schermo, ma attenzione se il filmato non è proporzionale viene deformato