non so se esiste uno schema generico.. io di solito divido in directory:

img - immagini e grafica
css - i fogli dis tile
js - le libreria javascript
lib - le librerie e le classi php che uso
ecc..

comunque la struttura può variare a seconda dei casi, ma più meno SOLITAMENTE organizzo i file in base al TIPO

alternativamente può capitare di dividere tutto in base alla funzione (es le librerie per inviare mail dentro la dir "contact", dove ci sarà anche mailform.htm e sendmail.php - ad esempio); chiaramente in questo modo basta che il sito sia un attimo più "evoluto" e diventa un macello eprchè si hanno o librerie duplicate, o include/require che puntano a files non nella loro posizione "nativa"..