height: 100% non risolverebbe comunque se il footer non è posizionato

probabilmente te lo ritrovi in centro pagina perchè la pagina stessa è troppo corta rispetto all'altezza della finestra del browser

quindi dai position:fixed al footer (bottom: 0) e relativi fix per IE6
oppure dai un'altezza minima al div principale che contiene i contenuti (e se non c'è lo crei) che si trova prima del footer

ad ogni modo senza codice da vedere non è possibile darti soluzioni precise