si il problema come avevi intuito era quello, per spiegarmi velocemente, src è la cartella dove tengo i .java e il file hibernate.cfg.xml e bin è la cartella dove vanno a finire i .class, non so perchè ma qualche volta eclipse non mi porta il file xml nella cartella bin, devo quindi prendere e copiarlo manualmente la dentro.

ps: il war quindi si crea solamente se creo un progetto web ? e lo trovo in web/classes ? chiedo giusto nel caso mi capiterà lo steso problema con progetti web