Ci provo...

leggendo quello che hai scritto ci sono degli errori di fondo, ovvero usi varie codifiche e così facendo il problema si complica.
Quindi devi decidere, in base alle tue esigenze, la codifica da utilizzare ed usarla per qualsiasi operazione, dalla collation del DB ai campi delle tabelle alla connessione MySql fino all'output delle pagine, ovviamente se usi un qualsiasi CMS anche questo deve avere medesima codifica.
A questo punto se hai il problema delle lettere accentate e il tutto si limita a questo, se salvi nel DB tali caratteri come entità, è normale che nella tua textarea le veda come tali, dovrai quindi esegure la riconversione prima di servirle.
Diversamente e correttamente se stampate a video fuori dalla textarea le entità vengono interpretate per quello che sono.