Mi auto-rispondo, qual'ora qualcuno avesse il mio stesso dubbio (sempre che sia corretta la mia soluzione! Spero che qualcuno possa convalidarla ).

In poche parole basta associare al .fla principale, una classe e da qui mettere dei riferimenti agl ioggetti movieclip.
Resta solo come creare questi riferimenti in modo effettivo.