Puoi usare l'iframe (anche se lo sconsiglio) oppure implementare un web service attraverso il quale le web application client forniscono le funzionalità richieste.

In alternativa puoi implementare un engine di template per permettere agli altri utenti di personalizzare la pagina dove viene visualizzato il sistema di prenotazione (come fanno molti gateway di pagamento). In questo modo è tutto ospitato sul tuo sito ma sembra (graficamente) il sito del cliente.