In genere mysql è più veloce di qualsiasi cosa tu possa fare in php.

In ogni caso i due cicli annidati restituiscono il risultato che dici tu: tante ripetizioni dei CF della prima tabella.

Codice PHP:
while($row mysqli_fetch_assoc($terzi)) { 
  
i=0;
  while(
$row2 mysqli_fetch_assoc($ibl)) { 
    if(
$row['cod_fiscale'] == $row2['codfisc_anaa']) i=1;                 
    } 
  } 
if (
i==1$ris[]=$row